De Ekster hanteert een monogaam paringssysteem, waarbij het paar vaak samenblijft van het ene broedseizoen naar het andere broedseizoen. Het broedseizoen begint in december met een piek in half april. Tijdens de start van het broedseizoen voert de Ekster baltsvertoningen uit om de paarband te versterken of om een partner aan te trekken. Bij de baltsvertoning gaan de kopveren van het mannetje snel op en neer en hijst hij de staart op in de vorm van een waaier. Het mannetje en het vrouwtje zullen vervolgens samen zacht roepen. Hierna voeren ze korte vluchten en achtervolgingen uit.

De Ekster broedt solitair, waarbij het nest vaak in de kroon van een hoge boom gebouwd wordt. Zowel het mannetje als het vrouwtje maken het nest, maar het vrouwtje neemt het grootste deel voor haar rekening. Het nest bestaat uit een vrij grote en koepelvormige structuur van stokken en twijgen. De zijingang van het nest wordt door een bekervormige holte beschermd. De binnenkant van deze holte bestaat uit zachte materialen zoals wol, dierenvacht, zachte grassen en veren.

Het legsels bestaat uit 2 tot 8 eieren. Het vrouwtje broedt de eieren in 21 of 22 dagen uit. Ondertussen ontvangt zij voedsel van het mannetje. Na het uitkomen van de eieren zal het paar de kuikens voeden, maar nu verricht het mannetje het meeste werk. Na 24 tot 30 dagen verlaten de jongen het nest en klimmen ze naar de omliggende takken. Het paar zal de jongen nog enkele weken blijven voeden totdat ze uitvliegen.