Die Nilflughund ist in freier Wildbahn vom östlichen bis zum südlichen Afrika verbreitet. Darüber hinaus lebt diese Art auch im westlichen Teil Afrikas. Darüber hinaus kommt die Nilflughund im Nahen Osten und einigen Teilen Südwestasiens vor. Dieser Schmetterlingshund bewohnt Wälder, Buschland, Grasland, Höhlen, unterirdische Lebensräume, Wüsten und von Menschenhand geschaffene Bereiche wie Gräber, Tempel, Minen und Tunnel.
Die Nilflughund ist ein Pflanzenfresser, insbesondere ein Frugivore. Sie ernährt sich von weichen Früchten, Blumen und manchmal auch von Blättern.
Die Nilflughund legt weite Strecken zwischen Schlafplätzen und Nahrungsquellen zurück. Die Nahrungssuche beginnt nach Sonnenuntergang und endet vor Sonnenaufgang.
Die Nilflughund fliegt zu einer fruchttragenden Pflanze und sucht an verschiedenen Zweigen nach reifen Früchten. Sie nimmt die Früchte mit zum Schlafplatz und frisst sie dort. Das Futter hält er an seinen Körper, um zu verhindern, dass es gestohlen wird.
Die Nilflughund lebt in Kolonien. Diese Flughunden kommunizieren miteinander, wenn sie sich in einem „Haufen“ aufhalten. Die Kommunikation besteht aus Fellpflegeaktivitäten und Lautäußerungen. Sie kämmen und bürsten sich gegenseitig an den Flügeln, am Kopf und am Körper. Die Kolonie kommuniziert in der Dunkelheit mit vielfältigen Lauten und Vokalisationen. Die Vokalisationen bestehen aus einer Abfolge von mehrharmonischen, tieffundamentalen Silben.