Der Mäusebussard lebt in monogamen Paarbeziehungen, die in der Regel ein Leben lang halten. Die Brutzeit dauert von Ende März bis Mai. Das Männchen führt zunächst spektakuläre Balzflüge durch, um eine Partnerin anzulocken oder die Bindung zu stärken und das Revier zu markieren. Wenn das Männchen bereits eine Partnerin hat, führt auch das Weibchen Balzflüge durch.

Das Weibchen bestimmt den Nistplatz und übernimmt den Nestbau. Das Männchen liefert das Material für den Nestbau. Das Nest besteht aus einer voluminösen, stabilen Plattform aus toten Ästen und Zweigen. Das Weibchen polstert das Innere des Nestes mit feinerem Material aus. Das Nest befindet sich oft auf einem Ast oder in einer Astgabel eines großen Baumes, der meist in der Nähe des Waldrandes steht.

Die Brutzeit beginnt vor allem im April und Mai, wobei das Weibchen auf dem Nest bleibt, auch wenn noch kein Ei vorhanden ist. Das Männchen versorgt das Weibchen in dieser Zeit mit Nahrung und ist für die Qualität der Eier von entscheidender Bedeutung. Wenn das Weibchen sich paaren möchte, lädt es das Männchen zum Paarungsritual in das Nest (oder dessen unmittelbare Umgebung) ein.

Das Gelege besteht in der Regel aus 2 bis 4 Eiern. Das Weibchen brütet die Eier hauptsächlich in einem Zeitraum von 33 bis 38 Tagen pro Ei aus. Das Männchen versorgt sie währenddessen mit Nahrung. Nach dem Schlüpfen bleiben die Jungvögel etwa 3 Wochen im Nest. Danach fliegen die Jungvögel aus und werden noch 6 bis 8 Wochen lang von den Eltern versorgt.